目前，通常被稱為非淋菌性尿道炎的是指衣原體(占40%-50%)、支原體(占20%-30%)及一些尚不明致病病原體(占10―20%，如陰道毛滴蟲，白色念珠茵和單純疤疹病毒)的尿道炎。這類尿道炎中，已知其病原體的，則稱為真菌性尿道炎和滴蟲性尿道炎等，而不再包括在非淋菌性或非特異性尿道炎之內(nèi)。
其主要病原體是沙眼衣原體和解脲支原體。前者占40%-60%，后者占20%-40%。
衣原體為革蘭氏陰性病原體，是一種細(xì)胞內(nèi)微生物，沒有合成高能化合物ATP、GTP的能力，必須由宿主細(xì)胞提供，因而成為能量寄生物。以目前常用的培養(yǎng)方法，尿道分泌物可培養(yǎng)出衣原體。女性病人因多數(shù)無癥狀或僅表現(xiàn)為白帶增多等婦科癥狀，難以確定其發(fā)病率，有人估計女性病人可能為男性的4倍。
支原體是目前所能發(fā)現(xiàn)的能在無生命培養(yǎng)基中生長繁殖的最小的微生物。現(xiàn)已從人類泌尿生殖道分離出來7種支原體，其中分離率較高而與泌尿生殖道疾病有關(guān)，是解脲支原體，其次是人型支原體。人型支原體(M.humenis，MH)、解脲支原體(Ureaplasmaurealyticum，UU)和生殖器支原體(M.genitalium，MG)都會引起泌尿生殖道感染。嬰兒或無性交接觸的女性生殖道內(nèi)找不到解脲支原體。而性生活越亂，這種支原體陽性率也越高。McDonald1982年報告587例急性尿道炎癥狀病人中，209例(36%)中段尿中分離出解脲支原體。
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